零余额账户和基本账户的区别，主要体现在以下3点：
一、零余额账户和基本账户的开立主体不同
零余额账户的开立主体是财政部门。
零余额账户是指：财政部门或财政部门为预算单位在商业银行开设的用于办理预算资金支付清算的账户，其日终余额在与设立在中央银行的国库单一账户清算后结零。
简单地说，是财政部门为它自己或者是它的预算部门在商业银行开立的账户。
而基本存款账户，是单位开立的。是只要有合法手续成立的单位（机关团体企事业单位等），只要发生经营活动，就可以开立基本存款账户。
二、零余额账户和基本账户的用途不一样
零余额账户是国家财政向商业企业或者政府采购项目等的收款方支付款项时，并不是直接把资金交付给收款方，而是设立一个中间过渡的账户，进行资金清算。
举例说明：某政府采购项目采购汽车，花了100万元，按理，财政应该把资金直接支付给汽车公司。
但是，为了保证支付环节可控，账务清楚，财政在某商业银行为它自己或者自己的预算部门开立一个零余额账户，财政先向零余额账户下达支付指令，告诉它要向某汽车公司支付100万元。
零余额账户在收到指令后，立即向汽车公司付款100万元，回头再向财政申请，把钱还给自己。
于是，财政把资金划给零余额账户。此时，经历过一付一收后，账户余额变成零，账务也平了。
基本存款账户是一家单位（可以是企业事业单位或者其它单位）办理转账结算和现金收付的主账户，这家单位的日常经营活动都可以通过基本账户办理。
主要办理转账结算、现金收付（和一般账户不同），以及发工资等各种经营有关的财务交易。
三、零余额账户和基本账户对账户及其余额的控制不一样
财政零余额账户，是财政专门做资金清算用的，只有这一个用途，从名字上可以看出来，不可以有余额，每天晚上日终前必须清零，一分钱不可以留。
而基本存款账户并没有这样的强制要求，是企事业单位根据自己的经营情况决定账户余额留多少钱，由开立基本账户的单位自行把握。
一家单位在去银行开户时，最先开立的是基本存款账户。只能选择一家银行开立一个基本账户。如果没有基本存款账户，就不可以开立一般账户、临时账户等其它账户。